চিংড়ির রোগের প্রধান কারণসমূহ নিম্নরূপ-

১) পরিবেশের ভৌত, রাসায়নিক ও জৈবিক গুণাবলির পরিবর্তনজনিত কারণ

ক) ভৌত গুণাবলীর পরিবর্তন

•  তাপমাত্রা অত্যধিক হলে বা অনেক কম হলে।
• পুকুরে/ঘেরে পর্যাপ্ত সূর্যালোক না পৌঁছালে।
• পানির স্বাভাবিক রং আকস্মিক বিনষ্ট হলে।
• অতিরিক্ত বৃষ্টিপাতের ফলে বাইরের দূষিত পানি প্রবেশ করলে চিংড়ি রোগক্রান্ত হতে পারে।

খ) রাসায়নিক গুণাবলীর পরিবর্তন

• দ্রবীভূত অক্সিজেনের পরিমাণ ৫ মিলিগ্রাম/লিটার এর কম হলে চিংড়ি রোগাক্রান্ত হবে।
• ১-২ পিপিএম এর বেশি মাত্রায় দ্রবীভূত কার্বন ডাই অক্সাইড উপস্থিত থাকলে।
• শিল্পকারখানার বর্জ্য, কৃষি জমির কীটনাশক ঘেরে বা পুকুরে প্রবেশ করলে।
• পানির লবণাক্ততা অধিক বেড়ে গেলে বা কমে গেলে।
• পানিতে দ্রবীভূত বিষাক্ত গ্যাসমূহ যেমন- অ্যামোনিয়া, হাইড্রোজেন সালফাইড, নাইট্রাইট প্রভৃতি এর মাত্রা বৃদ্ধি পেলে

গ) জৈবিক গুণাবলীর পরিবর্তন

• ঘেরে চিংড়ির মজুদ ঘনত্ব অধিক হলে।
• প্লাংকটনের ঘনত্ব কমে গেলে।
• অনুজীবঘটিত রোগের আক্রমণে চিংড়ি রোগাক্রান্ত হতে পারে। যেমন- ভাইরাসজনিত রোগ, ব্যাকটেরিয়াজনিত রোগ ইত্যাদি।
• প্রোটোজোয়া বা এককোষী প্রাণিঘটিত রোগ।
• অভ্যন্তরীণ ও বাহ্যিক পরজীবীঘটিত রোগ।

২) খাদ্যের অভাবজনিত কারণ

•  চিংড়ির প্রয়োজনীয়তা অনুযায়ী খাদ্য উপাদান নির্ধারণ না করলে।
• প্রাকৃতিক খাদ্য যথেষ্ট পরিমাণে না হওয়া।
• পর্যাপ্ত সুষম খাদ্য সংরক্ষণ না করা। 
• খাদ্যের সঠিক গুণগতমান বজায় না রাখা।
• শরীরের ওজন অনুপাতে খাদ্য প্রয়োগ না করা।

৩) প্রযুক্তি বাস্তবায়নগত অসুবিধা

• সময়মত সঠিক পরিমাণে সুষম খাদ্য প্রয়োগ না করা।
• সঠিকভাবে পোনা অভ্যস্তকরণ না করা।
• পোনা সঠিকভাবে পরিবহণ না করা।
• রোগাক্রান্ত দুর্বল পোনা মজুদ করা।
• সময়মত পানি পরিবর্তন না করা।
• সঠিক সময়ে রোগ শনাক্তকরণ এবং প্রতিকার না করা।